Oppilaan opiskelu voidaan järjestää osittain toisin, jos oppilaalla katsotaan joltakin osin ennestään olevan perusopetuksen oppiaineen oppimäärää vastaavat tiedot ja taidot, perusopetuksen oppiaineen oppimäärän suorittaminen olisi oppilaalle olosuhteet ja aikaisemmat opinnot huomioon ottaen joltakin osin kohtuutonta tai se on perusteltua oppilaan terveydentilaan liittyvistä syistä.
Perusopetuksen poikkeavaa järjestämistä sovelletaan silloin, kun oppilaan katsotaan esimerkiksi erityisessä tutkinnossa tai opetuksen järjestäjän määrittämällä muulla tavalla osoittaneen hallitsevansa vuosiluokan tai perusopetuksen oppimäärän tiedot ja taidot. Perusopetuksen poikkeavaa järjestämistä sovelletaan myös oppilaan siirtyessä esimerkiksi ulkomailla tai perusopetuksen valmistavassa opetuksessa opiskeltuaan perusopetukseen niin myöhäisessä vaiheessa, ettei enää ajallisesti ehdi saavuttaa oppimäärän tavoitteita. Oppilaan terveydentilaan perustuva perusopetuksen poikkeavan järjestämisen soveltaminen tulisi kyseeseen tilanteessa, jossa oppilaalla todetaan esimerkiksi pitkäaikainen sairaus, joka estäisi opetukseen osallistumisen pysyvästi tai kokonaan.
Perusopetuksen poikkeavasta järjestämisestä päätettäessä oppilaan tilannetta tulee tarkastella kokonaisvaltaisesti ja huomioida oppilaan etu sekä oikeus opetukseen ja turvalliseen opiskeluympäristöön. Opetuksen järjestäjä tekee päätöksen oppimäärän suorittamatta jättämisestä huoltajan hakemuksesta perusopetuslain mukaisella hallintopäätöksellä. Päätöksenteon tukena voidaan tarvittaessa hyödyntää monialaista yhteistyötä opiskeluhuollon ammattilaisten kanssa. Myös terveydentilaan liittyvistä syistä tehtävän päätöksen tekee opetuksen järjestäjä. Terveydentilan arvioivat terveydenhuollon ammattilaiset. Oppilaan tilapäisestä vapauttamisesta terveydellisistä syistä suorittamasta oppiaineen oppimäärää säädetään perusopetuslain 20 h §:ssä.
Oppilaan opetuksen järjestäminen osittain toisin, esimerkiksi oppiaineen opetuksesta pysyvästi tai kokonaan vapauttaminen, ei ole mahdollista ilman hallintopäätöstä opetuksen poikkeavasta järjestämisestä. Päätös voidaan tehdä vain perusopetuslain 18 §:ssä mainituilla oppilaan tilanteesta johtuvilla syillä ottaen huomioon oppilaan etu. Päätös on perusteltava. Perusteluissa on ilmoitettava, mitkä mahdolliset muut tiedot ja selvitykset ovat vaikuttaneet ratkaisuun sekä mainittava sovelletut säännökset.
Huoltajaa ja oppilasta tulee aina kuulla ennen päätöksentekoa. Perusopetuslain 18 §:n mukaiseen päätökseen on mahdollista hakea oikaisua aluehallintovirastolta 14 päivän kuluessa päätöksen tiedoksiannosta.
Poikkeavia järjestelyitä ei tule käyttää tilanteessa, jossa edellytykset oppivelvollisuuden suorittamisen määräaikaiselle keskeyttämiselle täyttyvät.